비의료인이 의사의 명의를 빌려 개설·운영한 이른바 ‘사무장병원’이 제공한 의료용역은 부가가치세 면제 대상이 아니라는 대법원 확정 판결이 나왔습니다. 다만 세무당국이 이를 근거로 10년 치 세금까지 무리하게 추징한 부분에는 제동이 걸렸습니다. 사무장병원 부가가치세 부과제척기간을 둘러싼 이번 판결은, 의료법인·병원 운영자뿐 아니라 세무조사 대응 전반에 중요한 기준을 제시합니다.
무엇이 문제였나 — 136억원 요양급여와 부당이득징수
비의료인 A씨는 2008년 6월 충남 소재 요양병원(B의료재단 명의)을 양수한 뒤, 본인 또는 처남을 이사장으로 내세워 의사들을 고용했습니다. 2017년 11월까지 약 9년 5개월간 건보공단으로부터 총 113회에 걸쳐 136억원의 요양급여비를 받아냈습니다.
사무장병원 운영 사실이 적발되자 건보공단은 2018년 12월 부당이득징수 처분(의료재단 174억원, A씨 97억원 → 이후 각 66억원·68억원으로 감경)을 내렸고, 대전지방국세청은 2021년 법인세 통합조사를 통해 B의료재단이 적법한 의료기관인 것처럼 위장해 부가가치세 면제 혜택을 부당하게 누렸다고 판단했습니다. 대전세무서장은 2011~2018년 부가가치세 약 32억 9천만원과 법인세 탈루분을 부과했고, 의료재단은 이에 불복해 소송을 제기했습니다.
쟁점 1 — 사무장병원 의료용역, 부가세 면제 대상인가
대법원은 “부가가치세가 면제되는 의료보건 용역은 의료법에 따른 의사 등이 공급의 주체가 되어 적법하게 제공하는 용역만을 의미한다”며, 실질적인 개설·운영자가 비의료인이라면 고용된 의사가 직접 진료를 수행했더라도 면제 대상이 아니다라고 판시했습니다. 형식적으로 의료법인 명의를 갖췄더라도, 실질 운영 주체가 비의료인이면 세법상 보호 대상에서 제외된다는 것입니다.
쟁점 2 — 환수될 요양급여도 과세표준에 포함되나
의료재단 측은 건보공단의 부당이득징수로 급여비용을 상환받지 못하게 됐으니 부가세 과세표준에서 빼야 한다고 주장했습니다. 그러나 대법원은 “부당이득징수처분은 의료보건 용역 공급 거래 이후에 별도로 이루어지는 제재처분에 불과하다”며, 징수금을 실제 납부했더라도 이미 성립한 공급 거래의 효력이나 가액이 소급해 사라지지 않는다고 못 박았습니다.
쟁점 3 — 실질과세원칙, 납세의무자는 법인인가 개인인가
의료재단은 실질 운영자인 A씨가 운영수익을 부당 유출했으므로 실질 납세의무자는 법인이 아닌 A씨 개인이라고 주장했습니다. 하지만 재판부는 단순히 수익을 부당 유출했다는 정황만으로는 과세대상 전체가 법인을 떠나 개인에게 실질적으로 귀속됐다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 즉, 자금 유출은 별개 문제이고, 납세의무 자체는 여전히 법인에 있다는 것입니다.
가장 중요한 쟁점 — 부과제척기간 10년인가 7년인가
이번 판결에서 실무적으로 가장 큰 파급력을 갖는 부분입니다. 세무당국은 사무장병원임을 숨기고 부가세를 신고하지 않은 행위를 국세기본법상 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 보아 부과제척기간을 10년으로 적용했습니다.
형사책임도 함께 무죄 — 조세포탈죄 불성립
같은 사안으로 조세범처벌법 위반 혐의로 기소된 형사사건에서도 대전지방법원은 대법원과 같은 취지로 무죄를 선고했습니다. “조세포탈죄 역시 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’가 인정되어야 성립하는데, 회계장부 조작 등 적극적인 은폐 행위 없이 단순히 신고·납부하지 않은 것만으로는 조세포탈의 범의나 부정한 행위를 인정할 수 없다“는 이유였습니다.
✅ 병원·의료법인 운영자가 확인해야 할 사항
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본 콘텐츠는 언론 보도(의협신문)를 바탕으로 세무법인 넥스트가 정리한 정보 제공용 콘텐츠입니다. 개별 사안의 적용 여부는 구체적 사실관계에 따라 달라질 수 있으므로 전문가와 상담하시기 바랍니다.