병의원은 한 해 수입금액이 5억 원 이상이면 성실신고확인 대상이 됩니다. 수입금액은 순이익이 아니라 건강보험 요양급여비, 비급여 진료비, 카드·현금 매출을 모두 합친 금액이고, 원장님 명의의 사업장이 여럿이면 합산해서 판단합니다. 대상인데 확인서를 내지 않으면 가산세가 붙고, 제대로 내면 신고기한이 6월 30일까지 늘어나고 확인비용 일부를 세액공제로 돌려받을 수 있습니다. 2026년 10월 기준으로 점검할 항목은 네 가지입니다.
안녕하세요. 세무법인 넥스트입니다. 국세청의 전산 분석이 정교해지면서 고소득 전문직, 특히 병의원에 대한 점검도 꼼꼼해지고 있습니다. 매년 종합소득세 신고 시기가 다가오면 원장님들이 가장 먼저 확인하시는 것이 성실신고 대상 여부입니다. 상담을 하다 보면 전년보다 매출이 조금 늘었는데도 대상이 된 사실을 모르고 일반 신고를 준비하다가 기한 직전에 혼선을 겪는 경우를 자주 봅니다. 오늘은 성실신고확인 판정 기준과 실무 체크포인트 네 가지를 정리해 드리겠습니다.
수입금액 5억 원은 어떻게 계산하나요?
병원, 의원, 치과, 한의원 같은 보건업은 연간 수입금액 5억 원 이상이면 성실신고확인 대상입니다. 성실신고확인이란 세무사 등이 장부와 증빙을 검토해 확인서를 작성하고, 이를 종합소득세 신고서와 함께 내는 제도를 말합니다.
여기서 수입금액은 통장에 남은 순이익이 아니라 한 해 동안 병원에서 발생한 매출 전체입니다. 환자에게 직접 받은 진료비뿐 아니라 국민건강보험공단에서 받는 요양급여비, 비급여 시술비, 신용카드와 현금영수증 매출이 모두 들어갑니다. 진료 외에 생긴 부수 수입까지 빠짐없이 집계하지 않으면 모르는 사이에 기준을 넘길 수 있습니다. 다만 의료기기 같은 사업용 유형자산을 판 금액은 성실신고 대상 판정 때는 수입금액에서 빼고 계산합니다.
병원을 두 곳 운영하면 따로 판단하나요?
아닙니다. 원장님 한 분이 의료기관을 두 곳 이상 운영하거나 다른 사업자를 함께 가지고 있다면, 사업장별로 보지 않고 모두 합쳐서 판단합니다. 예를 들어 본점 의원 매출이 4억 원이고 분점 매출이 1억 5,000만 원이면, 각각은 5억 원 미만이어도 합계 5억 5,000만 원으로 대상이 됩니다.
도소매업이나 제조업처럼 기준 금액이 다른 업종을 함께 운영한다면, 세법에서 정한 방식으로 주된 업종 기준에 맞춰 환산해 판정합니다. 이 계산을 잘못하면 대상 여부 자체를 잘못 판단할 수 있으므로, 사업자등록번호별 실적을 모두 모아 검토하셔야 합니다.
성실신고확인서를 내지 않으면 어떻게 되나요?
가산세가 붙습니다. 대상자가 성실신고확인서를 내지 않으면 산출세액의 5%와 수입금액의 0.02% 가운데 큰 금액을 가산세로 냅니다. 또 확인서를 내지 않았다는 사실 자체가 세무조사 대상을 고를 때 불리하게 작용할 수 있습니다.
반대로 기한 안에 확인서를 정상적으로 내면, 보통 5월 31일인 종합소득세 신고·납부 기한이 6월 30일까지 한 달 늘어납니다. 성실신고확인에 든 비용의 60%를 연 120만 원 한도로 세액공제받을 수 있고, 의료비·교육비 세액공제도 적용받을 수 있습니다.
평소 기장 관리는 무엇을 챙겨야 하나요?
성실신고 대상 병원은 지출 증빙을 훨씬 엄격하게 확인받습니다. 실무에서 자주 지적되는 것은 병원 운영과 무관한 가사 비용이나 가족 명의 카드 결제를 병원 경비로 넣는 관행입니다. 세무사는 확인서를 작성할 때 3만 원을 넘는 지출의 적격증빙 여부, 인건비 지급 내역과 4대보험 신고의 일치 여부, 사업용 계좌와 생활비 통장의 분리 여부를 대조합니다.
평소 관리가 되어 있지 않으면 신고 직전에 정리할 일이 크게 늘어납니다. 매달 고정비, 의약품 매입비, 인건비 증빙을 챙기고, 사업용 계좌 거래 내역을 수시로 맞춰 보아 원인 모를 입출금이 생기지 않도록 관리하시기 바랍니다.
자주 묻는 질문
개원 첫해에 매출이 5억 원을 넘어도 대상이 되나요?
됩니다. 새로 개원한 해라도 그해 수입금액이 5억 원 이상이면 성실신고확인 대상이므로 개원 초기부터 장부와 증빙을 갖춰 두셔야 합니다.
공동개원은 원장별로 나눠서 5억 원을 계산하나요?
아닙니다. 공동사업장은 원장별 지분과 관계없이 사업장 전체 수입금액으로 판정합니다. 병원 전체 수입금액이 5억 원 이상이면 공동사업장이 성실신고확인 대상이 됩니다.
의료기기나 인테리어 시설을 판 금액도 5억 원에 들어가나요?
성실신고 대상 판정에서는 사업용 유형자산을 판 금액을 수입금액에서 뺍니다. 다만 복식부기의무자는 이 금액이 사업소득 계산에는 들어갈 수 있으므로, 장부 마감 전에 따로 확인해 두시는 것이 좋습니다.
병의원 성실신고 대비, 세무법인 넥스트와 함께 점검하세요
성실신고 대상이 된다는 것은 신고 기한이 늘어나는 절차의 변화가 아니라, 장부를 보는 기준이 한층 엄격해진다는 뜻입니다. 결산 때 서둘러 대처하면 이미 생긴 계좌 거래나 증빙 누락을 바로잡기 어렵습니다. 병원 매출이 5억 원 안팎이라면 수입 구성과 증빙 상태를 미리 점검해 두시고, 세무법인 넥스트에 편하게 문의해 상의해 보시기 바랍니다.
본 글은 2026년 10월 기준의 일반적인 세무 정보이며, 각 사업장의 사실관계와 법령 개정에 따라 적용 결과가 달라질 수 있으므로 법적 판단의 근거로 사용할 수 없습니다. 실행 전 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다.