비상장 중소기업 주식을 넘기기 전에는 양도소득세와 증권거래세를 확인하고, 거래 가격이 세법상 시가와 맞는지 반드시 따져 봐야 합니다. 시가보다 낮게 넘기면 양도한 사람에게는 양도소득세가 다시 계산되고, 받은 사람에게는 증여세가 부과될 수 있습니다.
안녕하세요. 세무법인 넥스트입니다. 중소기업 대표님이나 기업승계를 고민하는 경영자분들을 만나면, 회사 비상장주식을 액면가 그대로 가족이나 제3자에게 넘겨도 문제없다고 생각하시는 경우가 많습니다. 상장 주식처럼 매일 시세가 나오지 않다 보니 가볍게 보시기 쉽지만, 실제로는 세법상 엄격한 평가 규정이 적용됩니다. 오늘은 주식을 넘기기 전에 대표님이 꼭 챙기셔야 할 기준을 4가지로 정리해 드립니다.
비상장주식 거래 시 세법상 원칙은 무엇인가요?
주식을 팔아 이익이 생기면 세법은 이를 소득으로 보아 과세합니다. 상장주식은 소액주주가 장내에서 거래하면 양도소득세를 내지 않지만, 비상장주식은 소액주주라도 원칙적으로 양도소득세 신고와 납부 의무가 생깁니다. 여기에 매매대금 전체에 붙는 증권거래세도 함께 챙기셔야 합니다. 우리 회사가 비상장이라면 한 주를 넘기더라도 세무 일정이 따라온다고 생각하셔야 합니다.
양도소득세와 증권거래세는 어떻게 계산하나요?
양도소득세는 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 뺀 양도차익을 기준으로 계산하며, 여기서 연 250만 원의 기본공제를 뺀 금액이 과세표준입니다. 중소기업 주식의 세율은 대주주 여부에 따라 달라집니다. 소액주주는 10%(지방소득세 포함 11%)이고, 대주주는 과세표준 3억 원 이하 20%, 3억 원 초과분 25%이며 지방소득세가 10% 더해집니다.
증권거래세는 양도차익과 관계없이 총 거래대금에 비상장주식 기준 0.35%가 부과됩니다. 손해를 보고 팔았더라도 증권거래세는 내야 합니다.
대주주 판정은 어떤 기준으로 하나요?
대표님들이 가장 많이 실수하시는 부분이 대주주 판정입니다. 비상장주식은 직전 사업연도 종료일 현재 지분율 4% 이상이거나 보유 주식 시가가 10억 원 이상이면 대주주로 분류됩니다. 본인이 최대주주이거나 최대주주 그룹에 속한다면 배우자, 직계존비속 등 특수관계인의 지분을 합산해 판정합니다.
예를 들어 대표님이 최대주주인 회사에서 본인 지분은 3%라도 가족 지분을 합쳐 4%를 넘으면 대주주 세율 20~25%가 적용됩니다. 그래서 양도 직전에 가족 지분까지 함께 점검하셔야 합니다.
거래 가격인 시가는 어떻게 정해지나요?
비상장주식 거래에서 가장 자주 분쟁이 생기는 부분이 가격입니다. 당사자끼리 액면가 5,000원에 계약했다고 해서 과세관청이 그 금액을 그대로 인정하지 않습니다. 불특정 다수 사이에 형성된 매매사례가액이 없다면 상속세 및 증여세법의 보충적 평가방법으로 주식 가치를 계산해야 합니다.
일반 법인은 최근 3년간의 순손익가치와 순자산가치를 3 대 2 비율로 가중평균해 1주당 가치를 구합니다. 최근 3년 동안 이익을 많이 낸 회사라면 액면가가 5,000원이어도 세법상 평가액은 5만 원이나 10만 원을 훌쩍 넘을 수 있습니다.
실제 숫자로 계산하면 세 부담은 어떻게 달라지나요?
자본금 5,000만 원, 1주당 액면가 5,000원인 중소기업이 있고, 꾸준한 이익으로 보충적 평가방법에 따른 1주당 가치가 5만 원이라고 가정해 보겠습니다. 대표님이 자녀에게 2,000주를 액면가인 1,000만 원에 넘기면, 세법상 가치 1억 원과 거래가액 1,000만 원의 차이가 9,000만 원입니다.
특수관계인 사이에서 시가와의 차이가 시가의 5% 이상이므로 부당행위계산 부인 규정이 적용되어, 양도자는 1억 원을 기준으로 양도소득세를 다시 계산해 내야 합니다. 자녀는 시가보다 싸게 산 이익 가운데 시가의 30%(3,000만 원)를 넘는 6,000만 원에 대해 증여세를 낼 수 있습니다. 액면가 거래 하나로 양도세와 증여세가 함께 붙는 전형적인 사례입니다.
기업승계 때는 무엇을 특히 조심해야 하나요?
경영권을 다음 세대로 넘길 때는 주식 이전 시점에 따라 세 부담이 크게 달라집니다. 이익이 일시적으로 줄었거나 투자로 순자산가치가 낮아진 시점에 주식을 넘기면 평가액이 낮아져 합법적으로 세금을 줄일 수 있습니다.
최대주주 주식은 원래 20% 할증평가되지만, 현행법상 중소기업과 일정 규모 미만의 중견기업은 할증이 적용되지 않습니다. 회사가 커져 이 기준을 벗어나면 같은 주식이라도 20%가 더해져 평가액이 올라갑니다. 성장 속도가 빠른 회사라면 할증이 면제되는 동안 승계 계획을 실행하는 판단이 필요합니다.
신고와 납부는 언제까지 해야 하나요?
비상장주식 양도소득세는 5월 종합소득세 신고와 달리 반기별로 신고합니다. 1월 1일부터 6월 30일 사이에 양도했다면 8월 말일까지, 7월 1일부터 12월 31일 사이에 양도했다면 다음 해 2월 말일까지 신고하고 납부해야 합니다. 증권거래세도 같은 반기 일정으로 신고·납부합니다. 기한을 넘기면 무신고가산세 20%와 하루 단위로 붙는 납부지연가산세가 더해집니다.
자주 묻는 질문
적자가 쌓인 결손법인은 주식 가치가 0원인가요?
그렇지 않습니다. 손익이 마이너스여도 회사가 가진 부동산이나 현금 등을 바탕으로 순자산가치를 따지며, 평가액은 순자산가치의 80% 아래로 내려가지 않도록 하한이 정해져 있습니다.
가족이 아닌 오랜 임직원에게 액면가로 넘기면 안전한가요?
임직원도 세법상 특수관계인에 해당할 수 있습니다. 특수관계가 아니더라도 정당한 사유 없이 시가보다 현저히 낮게 거래하면 증여세 과세 대상이 될 수 있습니다.
양도차손이 나면 세금을 전혀 안 내도 되나요?
양도소득세는 없지만 0.35%의 증권거래세는 반드시 신고하고 납부하셔야 합니다.
비상장주식 양도, 세무법인 넥스트와 함께 점검하세요
중소기업 주식 거래는 매매계약서 작성으로 끝나지 않습니다. 사전 평가와 특수관계인 지분 합산 여부를 꼼꼼히 확인해야 나중에 가산세가 붙은 고지서를 받지 않습니다. 지분 조정을 계획하고 계신다면 실행 전에 우리 회사 숫자로 평가액과 세금을 비교해 보시고, 궁금한 점은 세무법인 넥스트에 편하게 문의해 주세요.
본 글은 2026년 11월 기준 관계 법령을 바탕으로 작성한 일반 정보이며, 사례는 이해를 돕기 위한 단순 계산입니다. 개별 기업의 주주 구성과 재무 현황에 따라 결과가 달라질 수 있으므로 실행 전 반드시 전문가와 상담하시기 바랍니다.