법인이 받은 임대보증금은 돌려줄 부채로 장부에 올리고, 부가가치세 신고 때는 보증금에 정기예금이자율을 곱한 간주임대료를 매출에 더해야 합니다. 부동산임대업이 주업이면서 차입금이 자기자본의 2배를 넘는 법인은 법인세에서도 보증금 이자 상당액을 수익으로 더해야 하므로 결산 전에 함께 확인하셔야 합니다.
안녕하세요. 세무법인 넥스트입니다. 월세는 세금계산서를 발급해 꼬박꼬박 신고하면서, 목돈으로 받은 보증금은 돌려줄 돈이라는 생각에 장부 한쪽에 묻어 두는 법인이 적지 않습니다. 하지만 세법은 보증금을 가지고 있는 동안 생기는 이자 상당액까지 따져 세금을 매깁니다. 법인 임대보증금과 관련해 결산 전에 점검할 네 가지를 정리해 드립니다.
임대보증금은 장부에 어떻게 기록하나요?
회사의 수익이 아니라 만기에 돌려줄 부채로 기록합니다. 계약 만기가 1년 이내면 유동부채, 1년을 넘으면 비유동부채로 구분합니다.
실무에서 실수가 잦은 부분은 계약이 끝나 보증금을 돌려줄 때입니다. 원상복구 비용이나 밀린 관리비를 빼고 돌려줬다면 보증금 부채는 전액 줄이고, 뺀 금액은 관리비수입 등 수익 계정으로 바꿔야 합니다. 이를 빠뜨리면 장부상 부채와 실제 채무가 맞지 않게 됩니다. 결산 전에 계약서와 통장 내역을 대조해 보증금 잔액이 맞는지 먼저 확인하시기 바랍니다.
부가가치세 간주임대료는 어떻게 신고하나요?
보증금에 정기예금이자율과 임대 일수를 반영해 계산한 금액을 부가가치세 과세표준에 더합니다. 이를 간주임대료라고 합니다. 정기예금이자율은 매년 고시되므로 신고 때마다 해당 기간의 이자율을 확인해야 합니다.
간주임대료는 세금계산서를 발급할 수 없는 항목이라 신고서에서 아예 빠뜨리는 경우가 많습니다. 간주임대료에 대한 부가가치세는 계약에 따라 임대인이나 임차인 중 누가 부담할지 정할 수 있고, 임대인인 법인이 부담했다면 세금과공과로 비용 처리합니다. 또 부가가치세 신고 때 부동산임대공급가액명세서를 내지 않거나 잘못 적으면 해당 공급가액의 1%가 가산세로 붙습니다.
법인세에서도 보증금을 수익으로 보나요?
일반 법인은 아닙니다. 다만 세 가지 요건을 모두 갖춘 법인은 보증금 이자 상당액을 법인세 계산 때 수익으로 더해야 합니다. 부동산임대업이 주업일 것(임대 자산이 자산 총액의 50% 이상), 차입금이 자기자본의 2배를 넘을 것, 영리 내국법인일 것입니다. 이를 간주익금이라고 합니다.
간주익금은 보증금 적수에서 건물 건설비 상당액 적수를 뺀 금액에 정기예금이자율을 곱하고, 임대사업에서 생긴 이자·배당 같은 금융수익을 빼서 계산합니다. 주택과 그 부수토지는 계산에서 제외됩니다. 결산 단계에서 차입금 비율과 임대 자산 비율을 먼저 확인하지 않으면 이 조정을 빠뜨려 추징될 수 있습니다.
대표나 가족에게 싸게 빌려줘도 되나요?
시가보다 지나치게 싸게 빌려주거나 무상으로 쓰게 하면 부당행위계산부인이 적용됩니다. 부당행위계산부인은 특수관계인과의 거래 가격을 인정하지 않고 시가로 다시 계산하는 제도입니다. 이 경우 적정 임대료와의 차액이 법인 수익으로 더해지고, 그 금액은 대표 등에게 상여로 처분되어 소득세가 늘어납니다.
또 계약서 금액보다 적게 입금되었거나 대표 개인 계좌로 보증금을 받은 흔적이 있으면 가지급금 인정이자 문제로 이어질 수 있습니다. 계약서와 실제 입금액을 맞추고, 특수관계인과 거래할 때는 주변 시세 자료를 갖춰 두시기 바랍니다.
자주 묻는 질문
임차인이 나갈 때 보증금에서 관리비를 빼고 돌려줬다면 어떻게 처리하나요?
보증금 부채를 전액 줄이고, 뺀 관리비는 관리비수입으로 인식합니다. 관리비는 부가가치세 과세 대상이므로 세금계산서 발급 여부도 함께 확인해야 장부와 신고가 맞습니다.
간주임대료 부가가치세를 임차인이 내기로 했다면 세금계산서를 발급할 수 있나요?
발급할 수 없습니다. 계약에 따라 임차인이 부담하는 것은 가능하지만, 간주임대료는 세금계산서 발급 대상이 아니므로 입금 증빙으로 정산합니다.
주택을 임대하는 법인도 상가와 똑같이 계산하나요?
다릅니다. 주택 임대는 부가가치세가 면제되므로 부가가치세 간주임대료가 없습니다. 법인세 간주익금 계산에서도 주택과 그 부수토지는 제외됩니다. 상가와 주택을 함께 임대한다면 면적과 금액을 나눠 계산해야 합니다.
법인 임대보증금 관리, 세무법인 넥스트와 함께 점검하세요
임대보증금은 단순히 받고 돌려주는 돈이 아니라 부가가치세와 법인세가 함께 걸린 항목입니다. 장부 처리와 계산 방식에 따라 결과가 크게 달라지므로, 소명 요구를 받기 전에 우리 법인의 장부와 신고 내역을 점검해 보시기 바랍니다. 궁금한 점은 세무법인 넥스트에 편하게 문의해 주세요.
본 글은 2026년 10월 기준 관계 법령을 바탕으로 작성한 일반 정보입니다. 법령 개정과 개별 법인의 사업 구조·계약 조건에 따라 결과가 달라질 수 있으므로 구체적인 결정 전에는 전문가와 상담하시기 바랍니다.