수입금액 5억 원, 무엇을 합치고 무엇을 빼야 하는지 원장님이 직접 확인할 기준을 정리했습니다
안녕하세요. 세무법인 넥스트입니다.
병원·의원·치과·한의원 같은 보건업 개인사업자는 한 해 수입금액이 5억 원 이상이면 성실신고확인 대상이 됩니다. 수입금액은 순이익이 아니라 요양급여와 비급여 진료비를 모두 더한 매출 총액이며, 같은 원장님 명의의 다른 사업장 매출도 함께 따집니다. 대상인데도 확인서를 내지 않으면 가산세가 붙으므로, 결산 전에 기준선에 가까운지 먼저 확인하는 것이 좋습니다.
병의원 성실신고확인 대상 기준은 얼마인가요?
보건업은 해당 과세기간 수입금액이 5억 원 이상이면 성실신고확인 대상입니다. 성실신고확인제도란 매출이 일정 규모 이상인 개인사업자가 종합소득세를 신고할 때 세무사 등에게 장부와 증빙이 맞는지 확인받고, 그 결과를 담은 성실신고확인서를 함께 내도록 한 제도를 말합니다. 기준 금액은 소득세법 시행령에서 업종별로 정하며, 보건업은 부동산임대업·전문서비스업과 같은 5억 원 구간에 속합니다.
여기서 수입금액은 통장에 남은 이익이 아닙니다. 국민건강보험공단에서 받는 요양급여비용, 환자 본인부담금, 비급여 시술비를 모두 더한 총액입니다. 카드 결제와 현금영수증 발행분, 현금 수입도 빠짐없이 포함됩니다. 다만 의료장비나 차량 같은 사업용 유형자산을 팔아서 받은 금액은 판정용 수입금액에서 제외됩니다.
사업장이 둘 이상이면 매출을 합쳐서 판정하나요?
네, 같은 원장님 명의로 운영하는 사업장이 여럿이면 수입금액을 합산해 판정합니다. 예를 들어 의원 매출이 4억 원이고 같은 명의로 상가 임대 수입이 1억 5,000만 원 있다면, 따로 보면 둘 다 5억 원 미만입니다. 하지만 부동산임대업도 기준이 5억 원이므로 두 금액을 그대로 더한 5억 5,000만 원으로 판정하게 되어 대상에 해당합니다.
기준 금액이 다른 업종을 함께 운영한다면 계산이 한 단계 더 들어갑니다. 수입금액이 가장 큰 주업종은 그대로 두고, 나머지 업종 수입금액에 '주업종 기준금액 ÷ 그 업종 기준금액'을 곱해 환산한 뒤 더합니다. 참고로 의료법은 의료인 한 명이 의료기관을 하나만 개설하도록 정하고 있으므로, 합산 문제는 주로 임대업이나 다른 부업에서 생깁니다.
공동개원은 원장별로 나눠서 계산하나요?
아닙니다. 공동사업장은 그 사업장 전체를 한 사람의 사업자로 보고 판정합니다. 원장님들의 지분 비율과 관계없이 공동사업장 전체 수입금액이 5억 원 이상이면 대상이 됩니다. 이때 공동사업장 수입금액과 원장님 개인의 단독사업장 수입금액은 합산하지 않고 각각 따로 판단하는 것이 국세청 해석의 취지입니다.
확인서를 내지 않으면 어떤 불이익이 있나요?
성실신고확인서를 내지 않으면 가산세가 붙습니다. 가산세는 '종합소득 산출세액 중 사업소득 비율에 해당하는 세액의 5%'와 '사업소득 수입금액의 0.02%' 가운데 큰 금액입니다. 산출세액이 없더라도 수입금액 기준 가산세는 나올 수 있다는 점에 유의해야 합니다. 또한 미제출 사실은 세무조사 대상 선정 사유가 될 수 있습니다.
반대로 기한 안에 확인서를 내면 혜택도 있습니다. 종합소득세 신고·납부 기한이 5월 31일에서 6월 30일로 한 달 늘어납니다. 확인에 들어간 비용의 60%를 연 120만 원 한도로 세액공제(계산된 세금에서 직접 빼 주는 것)받을 수 있습니다.
성실신고 대상 병의원은 평소 무엇을 관리해야 하나요?
확인 단계에서는 지출 증빙과 계좌 흐름을 일반 신고보다 꼼꼼히 봅니다. 자주 지적되는 부분은 병원 운영과 관계없는 가사 비용이나 가족 카드 사용액을 경비로 넣는 경우입니다. 건당 3만 원을 넘는 지출에 세금계산서·카드전표 같은 적격증빙을 받았는지, 직원 급여와 4대 보험 신고 내용이 맞는지, 사업용 계좌와 생활비 계좌가 나뉘어 있는지도 확인 대상입니다. 매달 의약품 매입, 인건비, 고정비 증빙을 정리해 두면 신고 직전에 예상보다 큰 세금이 나오는 일을 줄일 수 있습니다.
자주 묻는 질문
개원 첫해에 매출이 5억 원을 넘어도 대상인가요?
네, 신규 개원 연도라도 그해 수입금액이 5억 원 이상이면 대상입니다. 개원 시기가 연중이라도 1년치로 환산하지 않고 실제 수입금액으로 판정합니다.
의료장비를 팔고 받은 돈도 5억 원 계산에 들어가나요?
판정할 때는 들어가지 않습니다. 사업용 유형자산 처분액은 성실신고 판정용 수입금액에서 빠집니다. 다만 복식부기의무자라면 처분 이익이 사업소득에는 포함될 수 있으므로 세금 계산은 따로 검토해야 합니다.
작년에는 대상이었는데 올해 매출이 줄면 어떻게 되나요?
성실신고 대상 여부는 해당 연도 수입금액으로 매년 다시 판단합니다. 올해 수입금액이 5억 원 미만이면 올해 귀속분은 대상이 아닙니다. 다만 매출이 기준선 근처에서 오르내린다면 해마다 대상이 바뀔 수 있으므로, 평소에도 성실신고 수준으로 장부를 관리해 두는 편이 부담이 적습니다.
병의원 성실신고, 세무법인 넥스트와 미리 점검하세요
매출이 5억 원 안팎이거나 임대업 등 다른 사업장이 있다면, 연말 결산 전에 수입금액 구성과 증빙 상태를 점검하는 것이 안전합니다. 세무법인 넥스트는 병의원 성실신고 대상 판정부터 확인서 작성, 평소 기장 관리까지 함께 살펴드립니다. 상담이 필요하시면 언제든 문의해 주세요.
이 글은 2026년 10월 기준 소득세법과 국세청 안내를 바탕으로 작성한 일반 정보입니다. 실제 대상 여부와 세액은 사업장별 사실관계와 이후 법령 개정에 따라 달라질 수 있으므로, 적용 전에 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다.