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종합소득세 세액공제·감면 완전정리 — 최저한세·중복적용·적용순서 4단계·창업감면 2025년 변경 [시리즈 8편]

📚 종합소득세 완전정리 심화편  ④ 세법 개정 핵심  |  ⑤ 사업소득  |  ⑥ 금융·연금소득  |  ⑦ 필요경비·기장의무  |  ⑧ 세액공제·감면

조특법 세액공제·감면 총괄표 — 농특세·감가상각의제·중복 적용 가능 여부

조특법 세액공제와 감면을 받을 때는 농어촌특별세 해당 여부, 감가상각의제 여부, 이월공제 가능 여부, 최저한세 해당 여부, 중복공제 가능 여부를 반드시 확인해야 합니다.

항목농특세감가상각
의제
이월공제최저한세중복적용
창업중소기업·벤처기업 세액감면 (조특법 §6)해당없음해당안됨해당 ※1감면: 중복배제 / 공제: 개별판단
중소기업 특별세액감면 (§7)해당없음해당안됨해당감면: 중복배제 / 공제: ※2 참고
주택임대사업자 세액감면 (§96)해당해당안됨해당감면·공제 모두 중복 가능
근로소득증대 세액공제 (§29의4)해당해당없음해당해당감면·공제 모두 중복 가능
통합투자세액공제 (§24)해당해당없음해당해당감면: 중복배제 / 공제: 중복 가능
전자신고 세액공제 (§104의8)해당없음해당없음해당해당감면·공제 모두 중복 가능
성실신고확인비용 세액공제 (§126의6)해당없음해당없음해당해당없음감면·공제 모두 중복 가능

※1 100% 감면되는 청년·소규모·위기지역창업 및 인원증가 추가감면은 최저한세 해당 안 됨
※2 중소기업특별감면은 통합투자세액공제를 제외하고 중복 가능

최저한세 — 세액감면·공제를 받아도 반드시 내야 하는 세금

사업소득이 있는 개인이 조특법 세액공제·감면을 받더라도, 일정 금액 이상은 반드시 납부해야 합니다. 이를 최저한세라고 합니다.

최저한세 계산 방법
소득공제 전 과세표준으로 계산한 산출세액이 3,000만원 이하: 산출세액의 35%
3,000만원 초과 부분: 산출세액의 45%

→ 최저한세 적용 후 납부세액이 이 금액에 미달하면 차액 납부 필수

최저한세가 적용되는 주요 소득공제 (사업자만 해당):

  • 중소기업창업투자조합 출자동에 대한 투자소득공제 (§16)
  • 설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례 (§28조의3)
  • 소기업소상공인 공제부금 소득공제 (§86조의3)
  • 위 소득공제 외 소득공제 종합한도 2,500만원 적용대상 소득공제 (§132조의2)

세액공제·감면 적용 순서 4단계 — 반드시 지켜야 하는 이유

세액공제와 감면의 적용 순서를 틀리면 농어촌특별세 과세 문제가 발생할 수 있습니다. 과세관청 해석(예규·심판례)에 따른 법정 순서를 반드시 준수해야 합니다.

적용순서내용예시
1최저한세가 적용되는 면제·감면창업감면, 중소기업특별감면 등
2최저한세가 적용되는 세액공제통합투자세액공제, 고용증대세액공제 등
3최저한세가 적용되지 않는 면제·감면청년지방창업, 공장지방이전, 사회적기업
4최저한세가 적용되지 않는 세액공제연구개발비, 착한임대인, 성실신고확인비용
감면 vs 공제 중복 핵심 원칙
  • 감면과 감면: 동일사업장·동일소득에 중복 적용 안 됨 (구분경리 필요)
  • 공제와 공제: 기본적으로 중복 적용 됨 (단, 성과공유 중소기업 세액공제와 고용증대세액공제는 중복 불가)
  • 감면과 공제: 통합투자세액공제는 감면과 중복 배제. 이월된 세액공제와 당해연도 감면은 중복 가능
  • 2025년 이후 창업분부터: 창업감면과 중복 불가 (기존에는 고용증가 추가감면과만 중복 배제)

창업감면 2025년부터 중복 제한 확대 — 절세 전략 재점검 필요

2025년 이후 창업분부터는 창업중소기업 세액감면(조특법 §6)과 다른 조특법 세액공제·감면의 중복 적용이 전면 제한됩니다. 기존에는 고용증가 추가감면(§6 제7항)과의 중복만 배제됐으나 이제는 범위가 크게 확대됐습니다.

창업감면 중복 제한 변경 (2025년 이후 창업)

2024년 이전 창업: 고용증가 추가감면(§6 제7항)과만 중복 배제, 그 외 다른 감면·공제와 중복 가능

2025년 이후 창업: 창업감면과 모든 조특법 세액공제·감면 중복 불가

2025년 이후에 창업한 사업자는 반드시 창업감면을 적용할지, 다른 세액공제(통합투자세액공제·고용증대세액공제 등)를 적용할지를 사전에 시뮬레이션 후 유리한 방향을 선택해야 합니다.

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본 포스팅은 조세특례제한법 및 관련 예규·심판례를 바탕으로 작성된 일반 정보입니다. 개인별 세금 문제는 세무사와 상담하시기 바랍니다. © 세무법인 넥스트

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