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수도권 과밀억제권역 내 법인 본점 신축…”취득세 중과”

최근 기업들이 성장하면서 사옥을 신축하거나 확장 이전을 계획하는 사례가 증가하고 있다. 특히 서울, 경기 등 수도권의 중심지역인 ‘과밀억제권역’에 법인 본점 사옥을 신축하거나 증축할 경우 예상치 못한 세금부담이 크게 발생할 수 있다. 이 문제의 중심에 있는 것이 바로 ‘취득세 중과’이다.

 

1. 수도권 과밀억제권역 내 취득세 중과의 개념과 배경

수도권 과밀억제권역은 서울, 인천, 수원, 성남, 안양, 부천, 군포, 과천, 의왕, 광명, 구리, 하남 등 수도권 내 특정지역으로 정부가 인구와 산업의 집중을 억제하기 위해 특별히 관리하는 지역이다.
법인이 이 지역에 본점 사옥을 신축 또는 증축하면 일반적인 취득세율 2.8%에서 추가로 4%가 중과되어 총 6.7%라는 높은 세율이 적용된다. 즉 100억 원 규모의 건물을 신축하면 일반적인 2억 8천만원이 아닌 6억 8천만 원의 취득세를 내야 하므로, 기업 입장에서는 상당한 추가 부담이 된다.
이는 정부가 과밀억제권역에 대한 인구 및 기업 집중을 억제하여 균형 발전을 도모하기 위한 조치의 일환이다. 하지만 현실적으로 본점을 수도권 외곽으로 이전하기 어렵고, 주요 사업의 핵심 기능을 도시 중심에서 수행해야 하는 기업들에게는 피할 수 없는 난제다.

 

2. 취득세 중과 대상과 판단 기준의 모호성
본점용 신축 건축물에 취득세가 중과된다는 것은 명확하지만, 문제는 이 ‘본점용’이라는 개념 자체가 명확히 정의되지 않아 많은 기업이 혼란을 겪고 있다는 점이다. 법인등기부상 본점으로 등기되어 있지 않더라도 실질적으로 의사결정 등 본점의 주요 기능이 수행되는 공간이라면 중과 대상이 된다.
예를 들어 서울 본점의 일부 기능을 수도권 외곽으로 이전했다라도 여전히 중요한 의사결정이 서울 사옥에서 이루어지고 있다면 서울 사옥 전체 혹은 주요 면적에 대해 중과세 대상이 될 가능성이 있다.
실제 대법원(2000두222)은 본점 기능의 일부만 수행해도 중과 대상으로 판단한 사례가 있어 기업 입장에서는 상당한 주의가 요구된다.
반면 임원실이나 이사회 회의실 등 일부 시설만 일시적으로 본점과 유사한 기능을 수행한 경우 중과 대상에서 제외된 판례도 있어 법원 판단이 일관되지 않아 논란이 되는 경우가 많다.(서울행정법원 2022구합 66439)
 
3. 중과 대상에 포함되는 부속 토지의 문제점
법인이 본점용 건물울 신축하거나 증축할 때 건물뿐 아니라 그 부속토지에 대해서도 취득세 중과가 될 수 있다는 점을 간과해서는 안 된다 .최초 토지 취득 당시 일반 취득세율로 이미 납부했더라도 5년 이내에 그 토지 위에 본점용 건물을 신축하거나 증축하면 추가로 4%의 세율을 더 부담해야 한다.
즉 최초 토지 취득 시 이미 취득세 4%를 부담한 기업이라면 본점 신축으로 인해 추가로 4%를 납부해야 하므로 합산 세율은 8%까지 올라갈 수 있다. 이로 인해 기업 입장에서는 미리 자금 계획을 철저히 세워야만 하는 상황이다.
 
4. 본점 사용 여부를 두고 빈번히 발생하는 분쟁 사례
본점 사용 면적의 판단이 모호하다 보니 실무에서는 다양한 쟁점이 발생한다. 예컨대 건물 내부에 설치된 주차타워나 방재시설과 같은 부대시설이 본점의 주요 업무와 직결되어 있다고 판단되면 그 면적도 중과 대상이 될 수 있다.
반대로 연구소가 방송사의 경우 단순히 방송 제작이나 연구 활동을 위한 공간이라면 본점용이 아니라는 법원의 판례가 존재한다.(대법원 2020두 41832). 하지만 이 역시도 외주 제작 프로그램 편집 공간 등 관리 기능과 직결된 경우에는 본점용으로 판단될 가능성도 있어 세밀한 분석과 준비가 필수적이다.

5. 수도권 내 기업들이 현실적 어려움과 대응 방안

최근 수도권 기업들이 신축이나 이전을 결정할 때, 취득세 중과 문제를 인지하지 못해 뒤늦게 세금 부담이 급격히 증가하는 사례가 많다. 이는 자금 계획에 큰 차질을 빚게 하며 기업 운영에도 악영향을 미칠 수 있다. 따라서 법인이 수도권 과밀억제권역에서 본점 신축이나 증축을 계획할 대는 사전에 철저한 검토가 필요하다. 구체적으로 다음 사항을 유의할 필요가 있다.

  • 법인이 신축 건물이나 부속토지의 본점용 사용 여부를 정확히 판단하고 미리 전문가와 충분히 상의한다.
  • 중과 대상 면적을 최소화할 수 있는 실무적 전략을 세우고, 분명한 용도 구분을 증빙할 수 있는 자료를 준비한다.
  • 중과 대상이 불분명한 공간은 법률적 리스크를 최소화하기 위해 명확한 관리 기준과 내부 규정을 마련한다.
  • 법인 본점 기능의 일부 이전 계획 시 이전 대상 및 업무를 명확하게 분리하여 세금 부담을 합리적으로 조정한다.

6. 결론 및 주요 시사점

수도권 과밀억제권역에서 법인의 본점 사옥 신축 및 증축 시 취득세 중과 문제는 단순히 세율 차웜을 넘어 기업의 장기적인 재무 계획과 운영 전략에도 큰 영향을 미친다.
이에 따라 본점을 이전하거나 신축 계획이 있는 기업들은 사전에 중과세 규정을 철저히 검토하고 세무 전문가와 함께 전략적 접근 방안을 마련해야 한다. 나아가 기업들은 향후 본점용 건물 신축 및 증축 시 발생할 수 있는 리스크를 사전에 예방하는 차원에서 철저한 자금 계획과 용도 관리 계획을 수립할 필요가 있다.
장기적으로 정부 정책 방향을 예의주시하며 향후 세제 개편 가능성까지 고려하여 유연한 대응 전략을 마련하는 것도 중요하다. 수도권 기업들이 증가하는 세금 부담과 규제 속에서도 안정적인 성장을 이어갈 수 있도록 세밀하고 전략적인 접근이 요구되는 시점이다.

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