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미처분이익잉여금을 줄이기 위한 방법 4가지(2025년 최신판)

중소기업 미처분이익잉여금의 명암, 절세냐 시한폭탄이냐

중소기업의 재무상태표를 들여다보면, 눈에 띄는 항목 중 하나가 바로 ‘미처분이익잉여금’이다. 이는 과거에 발생한 순이익 중 배당, 상여, 비용 처리 등으로 분배되지 않고 기업 내부에 남겨진 이익을 의미한다. 경영 관점에서는 재투자 여력 확보, 신용도 개선 등의 이점이 있지만, 세무적 관점에서는 방치 시 엄청난 세금 부담을 유발할 수 있는 고위험 요소다.

1. 미처분이익잉여금이 위험한 이유

첫 번재로 간과할 수 없는 문제는 지분 이동 시 발생하는 세금 리스크다. 특히 비상장주식의 경우, 상속이나 증여 또는 매각 시 주식가치가 ‘보충적 평가방법’에 따라 순자산가액을 기준으로 평가된다. 이 때 누적된 이익잉여금이 순자산가액을 증가시켜 주식 가치 상승을 유발하고, 이로 인해 상속증여세 또는 양도소득세가 기하급수적으로 증가하게 된다.

2. 회계상 장점의 이면

많은 경영자가 재무 건전성 확보를 이유로 이익잉여금을 축적한다. 분명히 자본 총계가 증가하면 부채비율은 낮아지고, 대외 신용도도 개선되는 효과가 있다. 또한 추후 투자를 위한 내부 유보금으로 활용 가능하다.

그러나 이러한 방식은 일시적 효과에 불과하며, 장기적으로 보면 지배구조 변화 시 기업가치 상승에 따른 세금 부담이 매우 클 수 있다. 

세무법인 넥스트가 자문한 한 기계부품 제조기업의 경우, 10년간 누적된 이익잉여금 40억 원으로 인해 지분 30% 증여 시 12억 원의 증여세가 발생한 바 있다.

3. 비정상적 이익잉여금, 분식의 징후일 수 있다.

문제는 여기서 끝나지 않는다. 일부 기업은 금융권 대출을 위한 분식회계, 입찰 자격 충족 등을 위해 인위적으로 이익을 남기는 방식으로 이 항목을 부풀리기도 한다. 이는 세무조사 대상이 되기 쉬운 구조이며, 적발 시 조세범처벌법상 과징금, 형사처벌까지도 이어질 수 있다.

실제 2022년 국세청 발표에 따르면, 조사 대상 중 약 11%가 비정상적인 이익잉여금 계상으로 인해 추가 세액이 추징되었으며, 추징 규모는 약 1,050억 원에 달한다.

4. 실질적 해결책과 전략

미처분이익잉여금을 줄이기 위한 실질적 방안은 다양하다.

1) 대표이사 보수 조정

합리적인 급여 인상이나 성과급(상여)지급을 통해 세법상 비용으로 계상할 수 있다. 단, 급여 수준이 동종 업계 평균을 벗어나면 인정받지 못하고, 다시 상여로 환급되어 과세될 수 있으므로 주의가 필요하다.

2) 배당 정책 활용

현금 유동성이 충분한 경우, 주주에게 배당을 실시해 이익잉여금을 처리할 수 있다. 단 배당소득세와 건강보험료 인상 등 부가세무비용이 발생하므로 전체 구조를 면밀히 검토해야 한다. 

3) 특허권 양도

대표이사가 보유한 특허권을 기업에 양도하는 방식은 일종의 절세와 자산 환원을 달성할 수 있는 전략이다. 실무적으로는 자산평가, 계약 첵ㄹ, 거래정당성 입증 등이 필요하며, 세무법인 넥스트는 이를 위한 특허법인과의 협업 시스템을 구축해 실효성 높은 사례를 만들어내고 있다.

4) 이익소각

현금이 부족한 기업은 자사주 매입 후 소각을 통해 이익잉여금을 제거할 수 있다. 이 경우 정관에 관련 규정이 있어야 하며, 주주총회의 결의를 거쳐야 한다. 주식 소각으로 인해 순자산이 줄어들면 주식 가치 하락에 따른 상속증여세 절감도 기대할 수 있다.

5. 전략적 접근의 중요성

무엇보다 중요한 것은 이러한 처리 방법들이 단발성으로 끝나선 안된다는 점이다. 연속성과 계획성이 결여되면 세무 리스크는 오히려 증가한다. 전문가의 진단을 통해 전체 재무 구조, 기업 수명 주기, 향후 지배구조 변화 등을 고려한 맞춤형 전략이 수립되어야 한다.

세무법인 넥스트는 미처분이익잉여금 구조 진단, 세액 시뮬레이션, 최적 절세 전략 수립까지 통합 솔루션을 제공하고 있다. 특히 가업승계나  IPO, M&A 등을 고려 중인 기업이라면 지금이 바로 재정비의 적기다. 

6. 결론 및 요약

미처분이익잉여금은 단순한 남은 돈이 아니다. 이는 기업의 미래 리스크를 예고하는 신호이 수 있으며, 방치 시 치명적인 세금 폭탄으로 돌아올 수 있다. 현명한 기업은 지금 이 순간부터 재무제표 속 이익잉여금에 주목하고, 체계적인 전략을 수립해 지속 가능한 경영을 위한 초석을 다져야 한다. 

7. FAQ

Q1. 미처분이익잉여금을 방치하면 어떤 세금 문제가 발생하나요?
비상장주식 평가 시 순자산가액이 증가하여 양도·상속·증여 시 세금이 크게 증가합니다.

Q2. 급여 인상으로 미처분이익잉여금을 줄일 수 있나요?
가능하지만 과도한 인상은 세무상 부인되어 오히려 과세 리스크가 생길 수 있으므로 주의가 필요합니다.

Q3. 자사주 매입 후 소각이 실제로 유효한가요?
정관과 주주총회 결의 요건을 충족하고, 절차적 투명성이 확보되면 유효한 절세 수단이 될 수 있습니다.

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